植物如何发表SCI?BSA告诉你研究套路

  • 2018-06-01 13:19:52
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BSA(bulked segregate analysis),即分群法,广泛用于基因定位分析。近年来随着高通量测序技术,BSA法定位基因已几近“批量生产”模式,并以“快、准、省”著称。


那么BSA的具体产出如何呢
打开NCBI-pubmed,输入关键词bluk segregant analysis,筛选到2018年发表相关文献22篇。


其中17篇文章的BSA分析基于NGS,只有3篇仍基于传统的PCR分子标记,2篇基于芯片数据。通过这组数据可以看出,基于高通量测序的BSA——名不虚传。


按照影响因子高低,将文章分为三个档次:
   1、5分以上文章4篇;
   2、3-4分的文章,16篇;
   3、3分以下文章2篇。
平均影响因子达到4分。
可见BSA定位的文章相对集中于3-4分。


深度解析文章套路
检索到的文章不如想象的那么多,影响因子却不低。我们依次看一下三个档次的文章:


1、

5分以上的文章
代表文章:MSD1 regulates pedicellate spikelet fertility in sorghum through the jasmonic acid pathway。

这篇文章是Nat Commun.上一篇有关高粱密穗的研究(2018 Feb 26;9(1):822. doi: 10.1038/s41467-018-03238-4.),足以可见BSA具有发高分文章的潜力。



那么BSA一般做到什么程度可以发高分文章呢?

以NC的文章来看:


1)首先通过EMS诱变获得感兴趣的突变体材料;然后构建群体,表型鉴定;然后构建混池测序,完成BSA分析,确定候选区间。基因定位一气呵成,此部分在文章中比重1/4。


2)然后在获得BSA定位结果的基础上,进一步升华:包括结合生理实验分析(比重1/4),通俗易懂的阐述引起突变的原因,承上启下,引出下文。


3)接下来就是基因功能验证(比重1/4)和意义升华(比重1/4)。本文在功能验证之余,突出茉莉酸(JA)在花絮发育过程中的重要意义。
小结:整体来看文章框架简单,但思路清晰,结果分明,具有很大的理论研究指导意义。


2、

3-4分的中等文章
代表文章:Identification and fine mapping of a stay-green gene (Brnye1) in pakchoi (Brassica campestris L. ssp. chinensis).Theor Appl Genet. 2018 Mar;131(3):673-684. doi: 10.1007/s00122-017-3028-8. Epub2017 Dec 5.
第二挡BSA相关文章,BSA分析确定候选区间后,一般有基因功能验证的内容(包括精细定位、已发表基因、突变体验证或者表达分析等)


但缺少“精美的生理实验”和“重大的研究意义”撑场子,这种情况下有一种“黔驴技穷”的感觉,一般在这些基础上再挖掘一点机理或在意义上有一点升华,可能就会有一次小小的飞跃。


3、

1-2分的BSA文章
代表文章:Genetic Mapping and a New PCR-based Marker Linked to a Dwarfing Gene in Oat (Avena sativa L.)
Genome. 2018 May 7. doi: 10.1139/gen-2017-0006. [Epub ahead of print]
这类文章相比较而言,创新性较差。
通过BSA分析仅确定候选基因,基因功能验证部分结果欠缺,一般以开发分子标记、标记辅助选择为嵌入点进行讨论。这一类文章体现一定的工作量,有一定的应用指导意义,但对于科研价值有待挖掘,文章发表一般为1-2分。


综上所述,BSA基因定位可以说实用性广:对于好的研究方向,能快速的挖掘目标基因,推动后续试验;对于一般的研究,短时间内可以有一定的产出。

所谓“千里之行,始于足下”,特别是对于NCS级别paper,如果没有目标基因,何谈功能分析和机制研究?随着科研投入的不断增加,能否更快、更准的获得基因信息,已成了能否先人一步的重要资本。

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